Program studi Teknik Industri didirikan pada tahun 1992 bersamaan dengan berubahnya IKIP Muhammadiyah menjadi Universitas Ahmad Dahlan. Program studi Teknik Industri didirikan saat itu dikarenakan melihat potensi berkembangnya keilmuan Teknik Industri dan kebutuhan program studi ini di masa mendatang. Program studi Teknik Industri didirikan bersamaan dengan program studi Teknik Informatika dan Ekonomi.

Pada tanggal 19 Desember 1994, program studi Teknik Industri mendapatkan SK pendirian dengan nomor 102/D/0/1994 dan tanda tangan dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi. Setelah SK pendirian tersebut turun maka program studi Teknik Industri resmi mendapatkan ijin penyelenggaraan. Jumlah mahasiswa saat angkatan pertama dibuka adalah tujuh orang dan angkatan berikutnya adalah 12 orang.

Saat ini, program studi Teknik Industri berada di bawah Fakultas Teknologi Industri bersama program studi Teknik Informatika, Teknik Kimia, dan Teknik Elektro. Akreditasi terakhir yang didapatkan program studi Teknik Industri adalah B, dengan SK BAN-PT Nomor: SK 197/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/IX/2013. Keberadaan SK akreditasi ini mendukung kegiatan operasional program studi Teknik Industri yang terus berkembang maju untuk menciptakan generasi baru berbasis keislaman di bidang keilmuan Teknik Industri sesuai visiĀ  dan misi program studi.